珍珠马甲鱼的身体呈椭圆形，两侧扁平，头部较大而略尖，眼睛大，背鳍高而短，胸鳍呈圆形扇形，其银棕色的身体甚至鳍上都布满了珍珠状的斑点，显得特别优雅和奢华，这也是它名字的来源。它的嘴一直延伸到尾柄的底部，身体的侧线上有黑色的圆形条纹。珍珠马甲的腹鳍已经进化成一对细长的金色丝状触角，具有触觉功能，可以探测周围的障碍物，辨别周围的食物。它们平时可以前后左右摆动，就像盲人用来探路的竹竿，极其敏感。不游泳的时候，触角还会轻轻摆动，好像一个姑娘在梳理她长长的辫子，格外漂亮。臀鳍长而宽，占体长的2/3(成年珍珠甲鱼体长可达12cm左右)。从腹鳍后面开始，向后延宽直至尾鳍。尾鳍后缘微凹，呈近似分叉状。像许多海龟一样，雄性珍珠龟通常比雌性更大，颜色也更丰富。它们的喉咙周围呈亮橙色，在繁殖期间变得更亮，用于向雌性求爱。雄鱼的鳍除尾鳍外，也呈一定的橙色。雄鱼的鳍也较长，背鳍较尖，肛鳍较长。